Σαφώς και υπάρχουν και αυτός είναι ο λόγος που δεν αποτελεί θεραπεία πρώτης γραμμής και απευθύνεται σε συγκεκριμένες ομάδες γυναικών.
1. Υψηλό ποσοστό ακύρωσης του κύκλου. Μόνο μία περίπου στις τρεις γυναίκες θα φτάσει σε εμβρυομεταφορά, καθώς είναι αυξημένη η πιθανότητα να γίνει πρόωρα η ωοθυλακιορρηξία, να μην βρεθεί το ωάριο κατά την ωοληψία, να μην είναι καλής ποιότητας το ωάριο ή να μην γονιμοποιηθεί.
2. Χαμηλό ποσοστό κυήσεως. Το ποσοστό κύησης ανά κύκλο, σύμφωνα με μελέτες, είναι της τάξεως του 13%, σε αντίθεση με την κλασική εξωσωματική γονιμοποίηση που αγγίζει το 35%. Μετά, όμως, από 4 φυσικούς κύκλους το αθροιστικό ποσοστό επιτυχίας ανέρχεται στο 46%, ποσοστό ιδιαίτερα ικανοποιητικό που αναφέρεται, όμως, μόνο σε γυναίκες νεότερες με φυσιολογικές ωοθηκικές εφεδρείες, καθώς το αντίστοιχο ποσοστό επιτυχίας σε γυναίκες με μειωμένη ωοθηκική λειτουργία δεν ξεπερνάει το 10%. Σε γυναίκες με εξαιρετικά πτωχή απάντηση, η τελική λύση είναι η δωρεά ωαρίων.
Νεότερες εφαρμογές, όπως ο τροποποιημένος φυσικός κύκλος, όπου χορηγούνται μικρές δόσεις φαρμάκων για λίγες ημέρες καθώς και η βελτίωση των πρωτοκόλλων κατάψυξης-απόψυξης των εμβρύων, καθιστούν την μέθοδο του φυσικού κύκλου σημαντική και υποσχόμενη, 40 χρόνια μετά την πρώτη επιτυχημένη εφαρμογή της.
