Εκτός από ειδικές περιπτώσεις (π.χ. γυναίκες που δεν ανταποκρίνονται σε υψηλές δόσεις φαρμάκων, γυναίκες με ιστορικό ορμονοεξαρτώμενου καρκίνου κ.α) η χρησιμοποίηση φαρμακευτικών πρωτοκόλλων στην εξωσωματική γονιμοποίηση είναι εξαιρετικά σημαντική γιατί:

1. Οδηγεί στη παραγωγή και στην ωρίμανση πολλών ωαρίων.
2. Παρεμβαίνει στο ενδογενή έλεγχο της λειτουργίας του άξονα υπόφυσης – ωοθηκών, με αποτέλεσμα να αποφεύγουμε τη πρόωρη ωρίμανση και ρήξη των ωοθυλακίων.
3. Μας δίνεται η δυνατότητα να επιλέξουμε τη κατάλληλη χρονική στιγμή για τη πρόκληση της τελικής ωρίμανσης των ωαρίων και να προγραμματίσουμε την ιδανική στιγμή για τη συλλογή τους (ωοληψία 34-36 ώρες μετά τη χορήγηση της ανθρώπινης χοριακής γοναδοτροπίνης hCG).
4. Βοηθούν να υποστηρίξουμε με το καλύτερο δυνατό τρόπο το ενδομήτριο μετά τη μεταφορά του εμβρύου μέσα σε αυτό.
5. Βοηθούν να βελτιώσουμε ή να διορθώσουμε παθολογικές καταστάσεις παραγωγής των ορμονών.
6. Βοηθούν να βελτιώσουμε τη κατάσταση της γυναίκας σε περίπτωση που συνυπάρχουν και άλλα προβλήματα.