Δεδομένου ότι οι περισσότεροι πολύποδες του ενδομητρίου είναι ασυμπτωματικοί με πολύ μικρή πιθανότητα κακοήθους εξαλλαγής, η τακτική της υπερηχογραφικής παρακολούθησης μπορεί να εφαρμοστεί σε αυτές τις περιπτώσεις. Εξάλλου, υπάρχει και η πιθανότητα ο πολύποδας να αποβληθεί αυτόματα κατά τη διάρκεια της περιόδου, σε ένα ποσοστό, περίπου, 25% μέσα στη διάρκεια ενός έτους. Η φαρμακευτική αγωγή δεν έχει κάποιο ιδιαίτερο ρόλο στην αντιμετώπιση του πολύποδα, εκτός, ίσως, από την περίπτωση όπου μία γυναίκα λαμβάνει ταμοξιφένη. Σε αυτή την περίπτωση, η τοποθέτηση ενδομητρικού σπειράματος λεβονοργεστρέλης (σπιράλ Mirena), φαίνεται ότι μειώνει την πιθανότητα δημιουργίας ενδομητρικού πολύποδα σε αυτές τις γυναίκες. Σε περιπτώσεις υπογονιμότητας, φαίνεται ότι η αφαίρεση ενός ενδομητρικού πολύποδα, ακόμη και εάν είναι ασυμπτωματικός, μπορεί να προσφέρει κάποιο όφελος, ιδίως σε γυναίκες που δεν εμφανίζουν κάποιο άλλο αίτιο υπογονιμότητας.  Σε συμπτωματικούς πολύποδες, η χειρουργική αφαίρεση με απόξεση του ενδομητρίου δεν αποτελεί την μέθοδο εκλογής, αφού εμφανίζει πιθανότητα επιτυχούς αφαίρεσης του πολύποδα μικρότερη από 50%, ενώ είναι συχνή και η μερική αφαίρεση του πολύποδα, με αποτέλεσμα να παραμένει ο υπόλοιπος μέσα στην ενδομητρική κοιλότητα. Η μέθοδος εκλογής στην αφαίρεση του πολύποδα του ενδομητρίου είναι η υστεροσκόπηση, όπου υπό άμεση όραση αναγνωρίζεται ο πολύποδας και αφαιρείται με τη χρήση μικροεργαλείων ολόκληρος, χωρίς να τραυματιστεί άσκοπα το υπόλοιπο ενδομήτριο, γεγονός που συμβαίνει στην απόξεση του ενδομητρίου, με αποτέλεσμα τη δημιουργία συμφύσεων στην ενδομητρική κοιλότητα. Τέλος, η υστερεκτομή αποτελεί ριζική μέθοδο αντιμετώπισης του πολύποδα και πρέπει να εφαρμόζεται μόνο σε περιπτώσεις, όπου η ασθενής έχει ενημερωθεί πλήρως για τη βαρύτητα του χειρουργείου και τις πιθανές επιπλοκές και παρόλα αυτά εξακολουθεί να επιθυμεί  να υποβληθεί σε αυτή.