Όπως σε κάθε χειρουργική επέμβαση, έτσι και στις λαπαροσκοπικές επεμβάσεις, υπάρχουν κίνδυνοι, που μπορουν να προκύψουν κατά τη διάρκεια αλλά και κατόπιν του χειρουργείου. Σε ορισμένες περιπτώσεις, η λαπαροσκόπηση μπορεί να διαρκέσει περισσότερη ώρα από ότι ένα ”ανοικτό” χειρουργείο, αυξάνοντας, έτσι, το διάστημα που χορηγείται αναισθησία στην ασθενή. Κατά τη διάρκεια του χειρουργείου, είναι δυνατό να υπάρξει αιμορραγία, η οποία, συνήθως, αντιμετωπίζεται διεγχειρητικά, ενώ σε λίγες περιπτώσεις μπορεί να χρειαστεί μετάγγιση αίματος, (σε ποσοστό 1-3%), λόγω σοβαρής αιμορραγίας. Επίσης, είναι δυνατό να δημιουργηθεί αιμάτωμα (συλλογή αίματος) στην κορυφή του κόλπου (κολπικό κολόβωμα), που μπορεί να απαιτήσει τη χορήγηση αντιβιώτικης αγωγής. Σπάνια, μπορεί να υπάρξει τραυματισμός κάποιου οργάνου, όπως του εντέρου (σε ποσοστό 2%), της ουροδόχου κύστης ή του ουρητήρα (σε ποσοστό 1%), ή τραυματισμός νεύρων και αγγειών (σε ποσοστό 1%), με αποτέλεσμα να είναι απαραίτητη η μετατροπή του λαπαροσκοπικού χειρουργείου σε ”ανοικτό” χειρουργείο. Όπως σε κάθε χειρουργείο, υπάρχει ο κίνδυνος της φλεγμονής, είτε στο τραύμα είτε στο εσωτερικό της κοιλίας, οπότε και να κριθεί απαραίτητη η χορήγηση αντιβιωτικής αγωγής. Τέλος, σε ποσοστό μικρότερο του 1%, υπάρχει ο κίνδυνος δημιουργίας θρόμβων στα κάτω άκρα ή η εμφάνιση πνευμονικής εμβολής, συμβάματα που απαιτούν άμεση αντιμετώπιση.