Σήμερα, κυκλοφορούν τρία εμβόλια: Το Διδύναμο Cervarix (έναντι των ιών 16,18), το Τετραδύναμο Gardasil (έναντι των ιών 6, 11, 16 και 18) και το Εννιαδύναμο Gardasil9 (έναντι των ιών 6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52 και 58). Αυτά τα εμβόλια προστατεύουν έναντι των τύπων του HPV που ευθύνονται για τις περισσότερες περιπτώσεις καρκίνου τραχήλου της μήτρας (οι τύποι του ιού 16 και 18 ανευρίσκονται σε ποσοστό 75% σε καρκίνο του τραχήλου, 70% σε προκαρκινικές αλλοιώσεις, 50% σε χαμηλού βαθμού αλλοιώσεις, 95% σε καρκίνο του αιδοίου και του κόλπου και σε ποσοστό 80% σε προκαρκινικές εκδηλώσεις του αιδοίου και του κόλπου). Το Τετραδύναμο εμβόλιο παρέχει επιπλέον προστασία έναντι των ιών 6 και 11, που ανιχνεύονται σε ποσοστό 90% σε καλοήθεις αλλοιώσεις, όπως στα γεννητικά κονδυλώματα, ενώ το Εννιαδύναμο εμβόλιο παρέχει επιπλέον προστασία έναντι περισσότερων τύπων του ιού. Τα εμβόλια κατά των ιών HPV προσφέρουν σημαντικό ποσοστό πρόληψης, αλλά δεν μπορούν να υποκαταστήσουν τον ετήσιο προλήπτικό έλεγχο με τεστ κατά Παπανικολάου, καθώς δεν προσφέρουν προστασία από όλους τους τύπους του ιου HPV (το εμβόλιο δεν προστατεύει από όλους τους τύπους του ιού HPV, οι οποίοι ξεπερνούν τους 100). Οι μελέτες δείχνουν ότι προσφέρουν ποσοστό προστασίας από προκαρκινικές και καρκινικές βλάβες, αλλά και από κονδυλώματα, που αγγίζει το 100%, έναντι των ιών για τους οποίους έχουν κατασκευαστεί, ανάλογα με τον τύπο του εμβολίου. Δεν προσφέρουν, όμως, θεραπεία από HPV αλλοιώσεις που ήδη υπάρχουν πριν τον εμβολιασμό ή από άλλα σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα (π.χ. σύφιλη, χλαμύδια, γονόρροια κτλ). Ο εμβολιασμός σε συνδυασμό με τον ετήσιο γυναικολογικό έλεγχο με τεστ Παπανικολάου και τη χρησιμοποίηση προφυλακτικού κατά την σεξουαλική επαφή, αποτελούν τη βασική ασπίδα προστασίας απέναντι όχι μόνο στον ιο HPV, αλλά απέναντι και σε όλα τα σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα.